NATO-AB ilişkileri 1990 sonrası başlamış, Maastricht Antlaşması ile Batı Avrupa Birliği’nin güvenlik ve savunma konularında AB adına hareket etmesi kararlaştırılmıştır. AB-NATO stratejik ortaklığında, etkili siyasi prensipleri ise şu şekilde belirtilmiştir; etkili karşılıklı istişare, eşitlik, AB ve NATO karar alma özerkliğine saygı, AB ve NATO üyesi ülkelerin çıkarlarına saygı, BM şartı ilkelerine saygı, tutarlı, şeffaf ve karşılıklı olarak iki kurumun ortak askeri gereksinimlerinin karşılanmasının sağlanması (NATO-EU Decleration on ESDP, 2002). Buradan da açıkça anlaşılacağı üzere her iki kurumun çıkarlarına saygı, karar alma özerkliğine saygıdan bahsetmektedir. Bu noktada AB karar alma mekanizmasına bakıldığında güvenlik konularında NATO’da olduğu gibi ortak bir uzlaşma veya oy birliği gerektiği görülecektir. NATO’da olan kolektif güvenlik anlayışı BMGK’nde de görülmektedir. Örneğin BMGK’ne bırakılacak bir güvenlik anlayışında, BMGK üyelerinden birinin vetosu söz konusu olduğu durumlarda ortak bir uzlaşı mümkün olamayacağından herhangi bir müdahale olası kriz bölgesine olamayacaktır. Kosova, Bosna’da örnekleri acı dolu neticelerle sarihtir. Geçmişte Kıbrıs Türklerine yapılan soykırımlarda BM’nin sessiz kalışı gizlenen Ortega Raporunda dahi mevcuttur.
Dolayısıyla, tüm üye devletlerin ortak çıkarlarının Kıbrıs konusunda uyuşması mümkün olmayan bir yapıdadır. Kıbrıs’ın kendine has münhasır jeo-stratejik, jeo-ekonomik, jeo-politik önemli dikkate alındığında bu farklı çıkarların ne derece derin olduğu anlaşılabilecektir.
Bugün NATO, 1998 St.Malo Zirvesi sonrasında artık AB ile birlikte kriz yönetimi operasyonları gerçekleştirdiği doğrudur. Ancak yine de NATO ekseninde hareket edebilmektedir. Türkiye’nin bir NATO ancak AB üyesi olmaması , öte yadan GKRY’nin AB ancak, NATO üyesi olmaması AB-NATO eksenli bir güvenlik argümanını Kıbrıs Türkleri lehine zayıflatacak durumu yansıtmaktadır. Dolayısıyla Lizbon Antlaşmasının 41. maddesi ile NATO antlaşmasının 5. maddesi ayni sonuca varmaktadır. Savunma ve güvenlik konularında üye devletlerin ortak uyuşması ve oybirliği gerçekleşmesi zorunludur. Bunun yapısal bir zorunluluk teşkil etmesi, ilerleyen süreçte olası kriz halinde Kıbrıs Türklerinin lehine bir karar alınmasının da önüne geçebilecek nitelik taşıması açısından önemli ve neden AB veya NATO garantörlüğünün mümkün olmadığı ortaya çıkmaktadır.
Bu bağlamda, esasen, Kıbrıs’ta garantilerin kaldırılması yönünde defaten GKRY-Yunanistan ve AB’nin sergilediği tutum tamamı ile yeni bir düzen ve hukuk yaratılma çabası içerisinde bulunmasıdır. Bu yaratmaya çalışılan yeni düzenin ise Kıbrıs Türklerinin aleyhine olduğu aşikârdır.
Hiç şüphesiz, uluslararası arenada devletler birbirleri ile uyuşan stratejik çıkarları üzerine ortak hareket edebilmektedirler. NATO ve AB çıkarlarının uyuştuğu durumlarda taraflar, kriz yönetimi, kriz önleme ve çatışma sonrası istikrar sağlama operasyonlarda, savunma yeteneğini geliştirme konularında birbirleriyle işbirliğine gidebilmektedir. Esasında NATO ve AB birbirinden farklı nitelikli kurumlar olmasına karşın ortak çıkarlarını koruma gereği ön şartları olarak görülmektedir.
Özellikle de Kıbrıs konusunda 19 Şubat 2009 tarihinde Milliyet gazetesinde çıkan haberde AB Güvenlik Mimarisinde NATO’nun Rolü başlıklı rapora yer verilmiştir. Söz konusu raporda Türkiye’ye “NATO üyelerinin, AB ülkelerinin İttifak’a katılımını veto etmekten kaçınması” çağrısında bulunulmuştur. Bu çağrı Türkiye’nin GKRY’nin NATO üyeliğini engellemesine atfen yapılmış olabileceği değerlendirilmektedir. Öte yandan ayni çağrıda,  AB’yle üyelik müzakeresi yürüten NATO ülkelerinin OGSP çalışmalarına ve Avrupa Savunma Ajansı’na daha yakın bir şekilde dâhil edilmesi istenmiştir. Bu yolla da GKRY’ne çağrı yapılarak Türkiye aleyhine gerçekleştirdiği veto engelini ortadan kaldırması şeklinde yorumlanabilir. Ancak her iki koşulda da bir gelişme söz konusu olmamıştır. Bunun da sebepleri siyasi çıkarların örtüşmemesinden kaynaklandığından ötürüdür. Zira GKRY-Yunanistan’ın güttüğü çoğunluğa dayalı hâkimiyet kurma politikası halen birincil nitelikli Helenizm politikasına dayanmaktadır.
29 Mart 2012’de yayımlanan Avrupa Parlamentosu Türkiye Genişleme raporunda ise AB-NATO stratejik işbirliğinin geliştirilmesini Türkiye’nin engellediği ve bunun dış misyonlarda görevlendirilen AB personelinin güvenliğini olumsuz etkilediğini vurgulamıştır.
Hatırlatmak gerekirse, AB açısından Yunanistan’ın birlik içerisinde GKRY ile tam üye olması ve Türkiye’nin AB’ne üye olma girişimleri önünde devamla Kıbrıs, Ege konularını Türkiye’ye ön şart olarak koyması dikkate alındığında, Türkiye’nin Garantörlüğü dışında olası bir yeni Kıbrıs devletinin ayni siyasi duruşta devam edeceği göz ardı edilmemelidir. Zira GKRY’nin tek hedefi Türkiye’nin Akdeniz’deki hâkimiyetine son vermek ve bu anlamda Kıbrıs Türklerini üniter bir birleşme modelinde asimile ederek Giritleştirme siyaseti izlemektir. İlaveten, Türkiye’nin AB müzakere sürecinde Yunanistan ve GKRY’nin AB’ne katılımını da veto edebileceği ihtimali göz önünde tutulmalıdır.
Bakınız, 1996 senesi başında Kardak Krizi gerçekleştiği zaman, Yunanistan AB’ni harekete geçirerek Konsey’den krizin çıkmasında sorumluluğun Türkiye’ye ait olduğunu ve çözümün Lahey Adalet Divan’ına gidilmesi gerekli olduğuna dair bir kararın çıkmasını sağlamıştır. Bu eylem yeniden bizlere göstermektedir ki, GKRY veya Yunanistan’ın kısaca tek bir ülkenin vetosu ile Kıbrıs’ta oluşabilecek bir krizde müdahale önlenebilecektir. Kaldı ki,  NATO-AB garantörlüğünün Kıbrıs için öngörülmesi, adada yaşayan Türklerin güvenliği teminat altına almasının mümkün olamayacağı ve hatta Türkiye için de ayrı bir güvenlik endişesi Akdeniz’de yaratacağı gözlemlenmektedir.
Yunanistan GKRY’nin tek yanlı AB’ye girmesinden duyduğu memnuniyeti, dönemin başbakanı Simitis’in Enosis’i başardık demesi ile taçlandırılmıştır. Yunanistan Kıbrıs’taki Türk askeri varlığını adadan uzaklaştırarak NATO/AB güvenlik şemsiyesini oluşturmaya çalışarak fiili Enosis hedefini gerçekleştirme peşinde olduğu göz ardı edilmemelidir. Türkiye’nin AB üyeliğini diplomatik olarak desteklediğini Helsinki zirvesinde ortaya koyan Yunanistan, Kıbrıs konusu, Ege Adaları ya da adadaki Türk askeri meşru varlığını ele aldığı politikalar kapsamında, AB içerisinde bu sorunların Türkiye tarafından çözümlenmesi gerekliliği kriterleri Türkiye’nin önüne koşul olarak koymaya devam etmektedir. Örneğin Gündem 2000 raporu bu şekilde alınmıştır.
Nitekim, halen GKRY Türkiye’nin AB ile tam üyelik müzakereleri çerçevesinde Avrupa Savunma Ajansı ile işbirliği yapmasını veto etmektedir. Bu veto zincirinde GKRY, Türkiye’nin AB ile güvenlik konusundaki bilgi alışverişini eklemiştir. GKRY, Türkiye’yi güvenlik konularında AB’de lider konumda olmasını önlemek, güvenlik konularında dahi AB içinde tam yetkin halde olmasını engellemek adına hep teyakkuzda kalmıştır. Örneğin, Gürcistan ve Irak operasyonlarında Türkiye’ye bilgi verilmesini, danışılmasını yardım alınmasını veto ile engellemiştir. Zaten Türkiye katılacak olsa dahi karar mekanizmalarında etkin söz sahibi olması engellenmeye devam edilmektedir(Council of theEuropeanUnion,PresidencyConclusions,Annex II,2002).
NATO üyesi olan Türkiye’ye karşı yürütülen bu politikalar, AB üyesi olmayan Türkiye önünde icra edilecek operasyonlarda tam yetki ile katılımın engellendiği görülmektedir. Türkiye GKRY ve Yunanistan’ın Kıbrıs konusunda adil davranmamaları karşısında, Kıbrıs Türklerini güvence altına almaya çalışan bir dizi atılımları NATO içinde gerçekleştirmektedir. Örneğin, NATO dışındaki AB ülkelerinin Berlin Artı çerçevesinde NATO istihbarat bilgilerini kullanmasını veto etmektedir. Bunda GKRY’nin Türkiye aleyhine tutumu birincil faktördür. Bunun dışında Türkiye, Kosova’da AB görev gücüne katılımda GKRY’nin polis ekibinin yer almasını veto etmiştir. Bu durum da NATO-AB ilişkileri bağlamında vetonun önemine dikkat çeken bir durumdur. Tüm bu hususlar değerlendirildiğinde bugün AB-NATO garantörlüğü kapsamında Kıbrıs konusunda ortaya konan görüşün ne kadar işlerliğinin mümkün olmadığı anlaşılacaktır. Bu durum Kıbrıs Türklerinin mevcut garantörlük antlaşmaları dışında herhangi bir değişiklik talebine rıza göstermemesi gerekliliği bir kez daha öne çıkmaktadır. Müzakere heyetinin tüm bu yaşanan sorunsalları dikkate alarak, mevcut garantiler sisteminin dışına çıkmaması ve Türkiye Cumhuriyeti’nin garantilerin aynı şekilde devam etmesi yönündeki siyasi duruşuna arka çıkması gerekmektedir.